Grote egelskop heeft twee soorten bloemen, mannetjes en vrouwtjes. Ze zijn apart van elkaar op één plant te vinden: eenhuizig. De mannetjes groeien bovenin de bloeistengel, de vrouwtjesbloemen onderaan. Kenmerkend voor de grote egelskop is dat de bloeistengel rijk vertakt is.
De mannelijke bloemen zitten bovenaan de bloeistengel als kleine bruine bolletjes. Zij maken stuifmeel en de wind zorgt voor de verspreiding. De lager groeiende vrouwelijke bloemen zijn een stuk groter. Tijdens de bloei zijn het donkere kogels bezet met witte stempels. Na de bloei worden de vrouwtjes stekelige bolletjes, die doen denken aan een egel. Die kun je tot in het najaar tegenkomen aan en in het water.
De grote zwaardvormige bladeren steken ver boven de bloemen uit. Aan de basis zijn de bladeren gekield: hun omtrek min of meer driehoekig. Zo herken je ze ook zonder bloemen in de buurt.