Als je van dichtbij kijkt zie je dat moerasandoorn een waardig lid is van de lipbloemenfamilie. Een duidelijke bovenlip en onderlip in de bloem, waar de familie zijn naam aan dankt. Maar ook andere familietrekjes heeft de moerasandoorn: vierkante stengel, de bladeren keurig twee aan twee tegenoverstaand, elk volgend bladpaar staat loodrecht op het vorige (“kruiswijs“).
De onderlip van de bloem is prachtig getekend met paarse lijntjes en streepjes. Dat is het honingmerk. Het wijst de bezoekende insecten (vooral bijen en hommels) de weg naar de binnenkant van de bloem. En daar is wat te halen: onderin de bloem zit een druppel heerlijke nectar.
De bovenlip is wat eenvoudiger gebouwd en vormt eigenlijk een beschermend dak voor vier meeldraden en een stijl. Een bezoekende bij of hommel zal met zijn harige rug de meeldraden raken en het stuifmeel meenemen. Bij een volgend bloembezoek zal er stuifmeel blijven plakken op de kleverige stempel aan het eind van de stijl. De bestuiving is een feit! De stuifmeelkorrels zullen door de lange stijl naar binnen groeien en diep onderin de bloem zorgen voor de bevruchting. Onderin de bloem ontstaan hierna vier zaden.
De bloemen zitten in een krans, vlak boven een bladpaar. Niet alle bloemen bloeien tegelijk, je ziet bloeiende bloemen en knoppen naast elkaar in de krans. De bloem is aan de voet beschermd door de kelk, een bladachtig omhulsel met vijf scherpe tanden. Na de bloei blijft de krans van lege kelken over. Een markant beeld, waarin de scherpe punten van de kelk opvallen.