De watergentiaan is een echte waterplant die wortelt in de onderwaterbodem, de bladeren drijven op het oppervlak. De plant kruipt over de grond en wortelt op de knopen, vandaar dat overal in de buurt weer nieuwe bladeren en bloemen verschijnen.
De bladeren zijn rond, net als bij de waterlelie, alleen zijn ze een stuk kleiner. In de zomer verschijnen de heldergele bloemen, elke dag komen er weer kersverse exemplaren die aan het eind van de middag weer verwelken. Op vochtige dagen houden ze het wat langer vol. ’s Avonds zie je ook al de nieuwe knoppen bovenkomen en geel kleuren, klaar om de volgende morgen tot bloei te komen.